UNIX/LINUX : Informatique pour la biologie (OBI1)

Présentiel

Domaine : Sciences du vivant - Thématique : Outils informatiques pour l’analyse de données biologiques

Le système Unix/Linux est un système d’exploitation dont la maîtrise est indispensable pour toute personne amenée à utiliser les logiciels de biologie et bio-informatique. Ce stage est une initiation à l’usage de ces outils.

Public et pré-requis

Public :
Biologistes (au sens large), techniciens, techniciennes, chercheurs, chercheuses ingénieurs, ingénieures.

Pré-requis :
Avoir une expérience minimale du travail sur ordinateur (bureautique
par exemple)

Programme

UNIX/Linux : le système Unix, les environnements et leurs configurations
(personnalisation), les outils UNIX.
Programmation système Unix : programmation de scripts bash, interpréteurs awk, application à l’enchaînement et à l’interfaçage de logiciels du domaine public et universitaire.
Les expressions régulières : définition et utilisation dans le traitement de l’information biologique (awk, grep, sed). Application au traitement des entrées/ sorties des logiciels.

Objectifs & Compétences

Le stagiaire s’initiera au traitement de l’information en biologie par l’utilisation du système Unix/Linux.
Le stagiaire sera mis en situation d’utiliser des logiciels du domaine public et universitaire développés en biologie et bio-informatique, et de les interfacer de manière professionnelle grâce aux outils Unix.

Les + de la formation

Formation conçue en cohérence avec les besoins identifiés sur le marché du travail
Méthode pédagogique orientée vers l’acquisition d’outils stratégiques et opérationnels efficaces, complets, pertinents et innovants
Corps professoral composé d’enseignants-chercheurs et auteurs de renommée internationale

Pédagogie

Méthodes

Le public sera composé des stagiaires en formation continue et doctorants (maximum 14 personnes au total).
Les travaux pratiques sont encadrés par au moins deux enseignants.

Documents : Supports de cours PDF

Modalités d’évaluation

Certificat de réalisation

Et après ?

Cette formation permet aux participants de sécuriser leur parcours professionnel en leur donnant les compétences nécessaires pour accompagner les entreprises dans les enjeux liés à leur secteur d’activité et s’adapter aux évolutions technologiques associées.