La formation débouche sur la possibilité, pour un certain nombre d’étudiants, de préparer un doctorat ouvrant à une carrière de chercheur non seulement en France dans les grands organismes publics de recherche fondamentale ou appliquée (Universités, CNRS, IFREMER, IRD, MNHN, etc.), mais aussi à l’étranger (Universités principalement). Par ailleurs, le savoir faire méthodologique acquis ainsi que des enseignements sensibilisant les étudiants aux impacts des activités humaines sur les écosystèmes marins et à la gestion de l’environnement assurent une diversification des débouchés : bureaux d’études, collectivités territoriales, cellules environnement d’entreprises publiques ou privées, ONGs, etc.