Génomique environnementale et applications biotechnologiques

Au cours de cet enseignement, nous proposons de passer en revue des outils novateurs (séquençage haut débit, métagénomique, approches bio-informatiques) et d’y initier les participantes et les participants. Nous proposons également d’examiner les perspectives d’applications biotechnologiques de la génomique environnementale : identification de nouveaux composés et de nouvelles voies métaboliques d’intérêt, possibilités et enjeux de leur valorisation industrielle dans de nombreux domaines (cosmétiques, biofuels, médicaments, production d’énergie,…). Cet enseignement s’organise autour de la conception de projets. Les participantes et participants sont invités à réfléchir à une question scientifique actuelle traitant de la génomique environnementale, à la décliner sous la forme d’un mini-projet scientifique. Ils seront formés à cet exercice au cours de conférences dédiées, et sont invités à échanger avec les différents intervenantes et intervenants pour enrichir et améliorer leurs idées

CONTENUS :

• Analyses de la diversité de communautés microbiennes (jeux de données de séquençage haut débit de gènes ARNr16S).
• Analyse de bases de données environnementales de gènes / transcrits fonctionnels (ex : Tara Océans).
• Présentation d’exemples de projets scientifiques en génomique environnementale, fondamentaux comme appliqués.
• Métabolites secondaires bactériens : écologie et valorisation.
• Valorisation des microalgues : biocarburants.
• Échanges entre participantes et participants, et avec l’équipe encadrantes, sur les projets.