Algorithmique et programmation : notion de bases pour les biologistes (OBI2)

Présentiel

Domaine : Sciences du vivant - Thématique : Outils informatiques pour l’analyse de données biologiques

La connaissance et l’utilisation des outils informatiques sont aujourd’hui devenus incontournables, pour les biologistes, amenés à traiter un volume de données de plus en plus important.

Public et pré-requis

Biologistes (au sens large), techniciens, techniciennes, chercheurs, chercheuses ingénieurs, ingénieures.

Aucun prérequis

Programme

Cours : notions générales d’algorithmique et de programmation – présentation du langage Python (variables, structure de contrôle, fonctions)./ TP : utilisation des structures de données et des structures des contrôles de Python, fonctions.
Cours : algorithmes de tri. / TP : mise en oeuvre du tri (bulle, merge).
Cours : optimisation (simplexe, Monte Carlo et méthodes dérivées (recuit simulé), gradients). TP : dictionnaires, compte de mots, analyse du biais de GC sur un génome.
TP : optimisation suite (recuit simulé à partir du Monte Carlo, taboo search, gradient).
Pour en savoir plus :
http://abiens.snv.jussieu.fr/OBI/OBI2

Objectifs & Compétences

Qu’est ce qu’un algorithme ? Analyse d’un problème.
Représentation et structures de données.
Liaisons entre les structures de données et les algorithmes.
Complexité d’un algorithme. Résolutions exactes et heuristiques.
Méthodes d’optimisation.

La mise en œuvre sera faite dans un langage de programmation interprété et souple (Python).

Les + de la formation

Formation conçue en cohérence avec les besoins identifiés sur le marché du travail
Méthode pédagogique orientée vers l’acquisition d’outils stratégiques et opérationnels efficaces, complets, pertinents et innovants
Corps professoral composé d’enseignants-chercheurs et auteurs de renommée internationale

Pédagogie

Méthodes

Le public sera composé des stagiaires en formation continue et doctorants (maximum 14 personnes au total).
Les travaux pratiques sont encadrés par au moins deux enseignants.

Modalités d’évaluation

Certificat de réalisation

Et après ?

Cette formation permet aux participants de sécuriser leur parcours professionnel en leur donnant les compétences nécessaires pour accompagner les entreprises dans les enjeux liés à leur secteur d’activité et s’adapter aux évolutions technologiques associées.

Pour candidater

Inscription obligatoire au moins 2 mois avant la session.

Durée
28 heures

Tarif
Voir plus

1 100 € (Sorbonne université est exonérée de TVA au titre de l’article 261-4-4° du code général des impôts)

Informations En savoir +

– Catégorie de l’action de développement des compétences : Action de formation (article L6313-1-du code du travail)
– Nombre de participants : Minimum 1 / Maximum 4. Intégrés dans un groupe de 16 participants (doctorants, étudiants, stagiaires formation continue).
– Possibilité de session sur mesure ou intra entreprise à la demande.
Contact : christine.mantecon@sorbonne-universite.fr