ADN environnemental, un nouvel outil d’évaluation de la biodiversité

OBJECTIFS

Comprendre et manipuler les concepts clés de l’ADN environnemental : de la conception d’un projet à l’interprétation des résultats.

• Identifier et mobiliser les principes fondamentaux de l’ADN environnemental et des approches moléculaires associées.
• Connaître les différentes applications de l’ADNe en écologie et pour l’évaluation de la biodiversité en milieux naturels : suivi de la faune aquatique, détection d’espèces rares/invasives…
• Décomposer un protocole d’échantillonnage en étapes fonctionnelles et évaluer les limites et biais de contamination à chaque étape du protocole.
• Décrire et distinguer les étapes clés en laboratoire (extraction, amplification, séquençage, incluant le metabarcoding).
• Comparer les avantages et nouveaux potentiels par rapport aux méthodes traditionnelles d’inventaire, en se basant sur l’analyse de différents cas d’études.
• Identifier les critères et les facteurs contextuels (type de milieu, échelle d’étude, espèces cibles) qui rendent adéquate l’ADNe pour une problématique d’évaluation de la biodiversité donnée.
• Définir et différencier les notions de vocabulaire utilisées dans l’analyse des séquences ADNe (espèce, OTU, MOTU, ASV) pour garantir la précision du dialogue technique.
• Identifier les plateformes appropriées pour le partage, le stockage et la diffusion des données issues de l’ADNe.
• Interpréter de manière critique les résultats issus d’analyses ADN (lecture de rapports, compréhension des biais et incertitudes).
• Structurer la conception d’un protocole ADNe complet (de la problématique à l’interprétation), en intégrant les notions de référence, de seuils et de fiabilité.

Journée optionnelle :

• Décrire les étapes d’analyse d’un jeu de données ADN sous R en tenant compte des biais dans son jeu de données (notions de référence, seuils et fiabilité)
• Utiliser DADA2 sous R pour réaliser un exemple de traitement bio-informatique d’un jeu de données ADNe.
• Utiliser PhyloSeq sous R pour effectuer les bases de l’analyse d’un jeu de données ADNe.

COMPÉTENCES VISÉES

• Concevoir ou participer à un projet d’étude de biodiversité (inventaire, suivi, étude, espèce envahissante, espèce rare…) intégrant l’ADN environnemental (ADNe), en tenant compte des enjeux contextuels, des biais et de la fiabilité des données.
• Traiter, analyser et interpréter un jeu de données issues de l’ADNe en mobilisant des bases de référence et des outils spécialisés (DADA2/PhyloSeq), afin de produire une étude de biodiversité fiable et partageable. (journée optionnelle).

Cette formation vous permettra de :

• renforcer la fiabilité de vos diagnostics,
• mieux exploiter les analyses ADNe,
• concevoir des protocoles adaptés aux enjeux de terrain.

Méthodes mobilisées

L’équipe pédagogique est composée de formateurs experts scientifiques et de professionnels de terrain.

La formation se déroulera en présentiel, sous forme de conférences et d’ateliers.

La transmission des connaissances s’appuiera sur des interventions et sur des mises en situation. À la fin de la formation, une attestation de compétences sera délivrée. Vos compétences seront évaluées sur base de votre participation aux cours et ateliers.

L’équipe pédagogique

Aurélie Lacoeuilhe, cheffe de projet « Coordination scientifique ADN environnemental », PatriNat

Pierre Methou, chercheur, ISYEB, MNHN

Nicolas Puillandre, Maître de conférences, ISYEB, MNHN