Biosciences
Maître de Conférences universitaire – Sorbonne Université , Institut de Biologie Physico-Chimique
Physiologie Membranaire et Moléculaire du Chloroplaste
Sorbonne Université
CNRS UMR 7141
Missions
Responsable des stages :
• OBI-1 Unix/Linux : informatique pour la Biologie – Elaboration de
chaînes de traitement des informations biologiques
• OBI-2 Algorithmique et Programmation : Notions de base pour les
biologistes
• OBI-3 Bases Algorithmiques et Statistiques de l’Analyse des Séquences –
Applications avec les logiciels disponibles sur le WEB
• OBI-4 Phylogénie moléculaire – Introduction aux méthodes de la
phylogénie moléculaire
Intervention dans les stages :
• Langage Unix
• Programmation
• Analyse de séquence
• Phylogénie
Techniques maîtrisées :
• Analyses de séquences : scripts unix, algorithmique, comparaison de séquences,
reconstruction phylogénétique
Laboratoire et thème de recherche actuel :
• Laboratoire de Physiologie Membranaire et Moléculaire du Chloroplaste, Institut de
Biologie Physico-Chimique, CNRS-UPMC IMR 7141, 13 rue Pierre et Marie Curie,
75005 Paris
Dernières publications
1. Vakirlis N, Hebert AS, Opulente DA, Achaz G, Hittinger CT, Fischer G, Coon JJ, Lafontaine I. 2017. A
molecular portrait of de novo genes. bioRxiv 119768. (under revision in Mol Biol Evol)
2. Vakirlis N, Sarilar V, Drillon G, Agier N, Meyniel JP, Blanpain L, Carbone A, Devillers H, Dubois K,
Fleiss A, Gillet Markowska A, Graziani S, Nguyen HV, Poirel M, Reisser C, Schott J, Schacherer J,
Lafontaine I, Llorente B, Neuvéglise C, Fischer G. (2016). Reconstruction of ancestral chromosome
architecture and gene repertoire in a model yeast genus reveals principles of genome evolution.
Genome Research, 26(7):918-32.
3. The MetaSUB International Consortium. 2016. The Metagenomics and Metadesign of the Subways
and Urban Biomes (MetaSUB) International Consortium inaugural meeting report. Microbiome 4: 24.
4. Thierry A, Khanna V, Créno S, Lafontaine I, Ma L, Bouchier C and Dujon B. (2015). Formation of
macrotene chromosomes, insights to a new mechanism of high order gene amplification in eukaryotes.
Nature Communications, 6. doi :10.1038/ncomms7154.
6. Gillet-Markowska A, Richard H, Fischer G and Lafontaine I. (2014) Ulysses: Accurate detection of
low-frequency structural variations in large insert-size sequencing libraries. Bioinformatics, 31 :801-
808.
